小曲中主要微生物是霉菌和酵母菌，霉菌中又以根霉为主，根霉具有以下优势。

(1)根霉菌具有边生长、边糖化、边发酵的特点，所以小曲酒的酿造中用曲量少（是所有传统白酒中用曲量最少、发酵时间最短的），一般小曲用量只要0.2%左右就能达到较高的糖化发酵能力，就是因为根霉的这个特点，这种生产方式别具一格。

（2）适宜多菌混合培养环境，即“共牺牲”，这是根霉的一大优点，它和其他菌一起培养时，生长相当旺盛，故小曲酒又有“纯种”（根霉）酿造之概念。

（3）适合中小型酒厂制作，不需特殊的设备和保温设施，一般7.8.9月生产即可。加上小曲酒的生产方式简便，在我国被广泛应用，特别是南方各县、乡村都有小曲酒的作坊，这也给酒类监管带来了难度。

传统小曲培养使用的酵母菌主要有Rasse（拉丝12号、德国12号）、南洋混合酵母1308、米酒酵母等，它们适应性好，发酵能力强，产酒稳定，酒质较好。

应注意的是，固态小曲酒的生产方式是开放式的，这给细菌的侵入创造了条件，如何减少细菌的污染，是小曲酒生产中必须予以重视的问题。